عملیات ساخت و ساز مسجد مسکن مهر نطنز در سال ۱۳۸۹ در عرصه ۷۲۰ متر مربع با اعتبار اولیه ۶۵۰/۰۰۰/۰۰۰ ریال آغاز شد.
بنا به گزارش روابط عمومی بنیاد مسکن انقلاب اسلامی نطنز این اعتبار از طرف اداره کل راه و شهر سازی استان اصفهان تامین و مورد استفاده قرار گرفت. بنا به همین گزارش این مسجد در ۲ طبقه و هر طبقه دارای ۷۲۰ متر مربع در حال ساخت و ساز می باشد که تا کنون ۲۵% رشد فیزیکی داشته است.
در سفر جناب آقای دکتر عباسی معاون محترم رئیس جمهور و ریاست محترم سازمان انرژی اتمی ایران به شهرستان نطنز مبلغ ۵۰۰/۰۰۰/۰۰۰ ریال دیگر نیز به این طرح اختصاص یافت. امید می رود در آینده نزدیک و با فرا رسیدن ماه مبارک رمضان ساکنان مسکن مهر نطنز در مسجد محل خود نماز را اقامه کنند.